Khu chế xuất Tân Thuận hoạt động dưới sự quản lý của Ban Quản lý các Khu Chế xuất và Công nghiệp Thành phố Hồ Chí Minh (HEPZA), là cơ quan chính phủ duy nhất quản lý TTZ.
HEPZA cung cấp cơ chế quản lý dịch vụ một cửa cho các doanh nghiệp bên trong Tân Thuận vì vậy doanh nghiệp không cần phải đến các cơ quan Chính phủ khác nhau khi xin giấy phép, giấy chứng nhận ... HEPZA cũng có thể cung cấp thông tin hữu ích và thậm chí giúp doanh nghiệp tuyển dụng lao động.
Do đó, doanh nghiệp có thể thoải mái vận hành và tập trung vào quản lý và sản xuất.